A dinastia de Borgonha ou Afonsina, não foi particularmente atenta, ao reforço defensivo de Braga, nos primeiros 250 anos de existência de Portugal, mesmo sabendo do senhorio arquiepiscopal.
Além da sua importância histórica, para o noroeste da península ibérica, desde o período romano, passando pelo reino suevo, e no restabelecimento da civilização com matriz cristã, Braga, foi essencial à fundação do país, devido à sua centralidade político-religiosa, pois, só Roma, tinha o poder de reconhecer as nações ou estados, à semelhança da ONU, nos nossos dias, e foi também na Cidade Primaz, que se fez o plano, e de onde estalou a revolta, da primeira madrugada portuguesa, para triunfar na tarde de 24 de Junho de 1128.
A antiga muralha romana, não só não terá sido tão imponente como se julga, como a de Lugo, como foi sendo desmantelada, pedra a pedra, para a realização de novas construções, pois, também uma parte do núcleo da cidade medieval, projectou-se para fora desse perímetro defensivo do período de Bracara Augusta. O Conde D. Henrique terá dado ordens para o início da construção da cerca primitiva, que muito pouco terá evoluído, até porque, o regente, faleceu relativamente cedo, por volta de 1112.
Muito tempo depois, em 1278, D. Dinis assumiu o governo do reino, tendo sido coroado rei, no ano seguinte, por falecimento do seu pai, D. Afonso III. Devido às ligações familiares com o Reino de Castela, D. Dinis esteve sempre activo nas disputas entre os estados peninsulares, que, mais tarde, deram origem a Espanha. Também teve disputas internas, tanto com o alto clero, como com a nobreza, vindo a confrontar-se com o seu filho, D. Afonso IV, em 1319. E Braga seguia sem o seu Castelo…
Terá sido por essa altura que, D. Dinis, colocou Braga no plano de reforço defensivo de algumas das principais cidades portuguesas. Em 1325, com a sua morte, o seu filho, D. Afonso IV, herdou a coroa real. As sucessivas disputas entre este monarca, e o arcebispo de Braga, D. Gonçalo Pereira, terão atrasado, ainda mais, a construção do castelo e da muralha que cercasse o burgo medieval.
Em 1357, D. Afonso IV falece, tendo sido sucedido por D. Pedro I, mas com o sistema defensivo de Braga, longe de estar concluído. Apenas dez anos volvidos, morre D. Pedro I, sendo sucedido no trono pelo seu filho, D. Fernando I, que muito brigou com Castela, tendo Braga sofrido sérias consequências, muito pela ausência de Castelo, muralha e efectivo militar.
Em 1369, veio a declarar a sua primeira guerra a Castela, mas não tendo em conta que, a grande cidade do Norte de Portugal, Braga, tão próxima da Galiza, e não distante de Castela, estava particularmente indefesa a investidas. Fernão Lopes, conhecido cronista do Reino de Portugal, descreveu Braga como “um lugar grande e mal cercado” e com os responsáveis pela sua defesa como “mal armados”… Assim, não foi de admirar que, nesse ano, o rei de Castela, D. Henrique II, “O Trastâmara”, invadiu Portugal, cercou Braga, que resistiu como pôde até capitular, tendo a cidade sido posteriormente pilhada, com muitos edifícios destruídos e incendiados, antes dos castelhanos avançarem sobre Guimarães.
Até 1373, houve um “zig-zag” na política levada a cabo pelo Rei D. Fernando I, tanto com tratados de paz, como novas declarações de guerra ao reino de Castela. Só com a derrota do soberano português, este, se decide a fortificar de vez a Cidade de Braga, com “muro alto e cinco torres”, para suster novos cercos e evitar saques, fruto de guerras que se vislumbrassem no horizonte, como veio a acontecer, devido à aliança com Inglaterra, o que atiçou Castela. Em 1378, de acordo com uma crónica mais tardia do séc. XVI, Braga foi descrita como já tendo uma muralha e as tais cinco torres de vigilância e defesa, mas não totalmente terminadas, já que, outros documentos os há, que compravam obras ainda em curso em meados de 1380.
Antes, ao redor de 1373, a quando novo tratado de paz com Castela, e em situação de inferioridade, D. Fernando I deu guarida a castelhanos, desavindos com o seu monarca, por este ter ordenado a execução do seu irmão, D. Pedro I. Lopo Gomes de Lira e o seu irmão, Vasco Lourenço, foram alguns desses castelhanos, mas que alcançaram o topo do poder local, tendo o primeiro sido conduzido a meirinho-mor do Entre Minho e Douro, e, depois, a governador da Cidade, e, o segundo, nomeado alcaide do Castelo de Braga.
D. Fernando I virá a sucumbir à doença, nos finais de 1383, mas o novelo que criou antes, com planos de casamento da sua única filha, com o segundo filho do rei de Castela, para, logo de seguida, propor o casamento com o próprio rei de Castela, D. Juan I, devido ao falecimento da sua mulher, deixou o país em alvoroço, pois estava em causa a soberania nacional.
Braga não aceitou esta decisão, tomada pelo soberano, e ficou na mira do Rei D. Juan I e do exército do Arcebispo de Compostela, mais ainda quando tinha castelhanos em lugares de chefia, que, como vimos antes, não alinhavam com a sua política sanguinária. Não foi de estranhar que, depois de um cerco falhado a Lisboa, e no regresso a Castela, pelo Norte de Portugal, D. Juan I tenha nomeado homens da sua confiança para os mais importantes castelos, como veio a suceder a Braga. O grande Arcebispo D. Lourenço Vicente, foi obrigado a assistir a todo este “teatro” ao longe, o que, por outro lado, lhe permitiu estar no local certo, na hora certa: Aljubarrota.
Estranhamente, os irmãos castelhanos aparentavam estar agora a fazer um jogo-duplo, perante o rei de Castela, pois, quando Nuno Álvares Pereira, conquistou Viana da Foz do Lima, agora Viana do Castelo, a Vasco Lourenço, antigo alcaide do Castelo de Braga, este último, foi enviado para Braga, para a defender do movimento surgido para impedir a perda da independência nacional. Porém, não só o povo bracarense se revoltou do lado interior das muralhas, como do lado exterior, o exército do Condestável, atemorizou esta liderança “estrangeira” imposta a Braga, não tendo sido necessário pôr à prova a robustez do novo Castelo.
O Castelo de Braga manter-se-ia de pé, mais de 500 anos, após os acontecimentos entre 1383 e 1385, que culminaram na Batalha de Aljubarrota. Porém, grande parte do Castelo viria a ser demolida no início do século XX. A importante fortificação pela qual Braga aguardou mais de um quarto de milénio, desapareceu por iniciativa bracarense, num abrir e fechar de olhos, alegadamente por o local ter ficado mal conotado como a Cadeia de Braga, restando apenas a enorme Torre de Menagem e alguns vestígios no interior de edifícios circundantes.